De eerste stap in het gebruik van PDFE is om te scannen naar PDF bestanden en om een database aan te maken van deze bestanden. Dit wordt gedaan met de directe scanmethode, via de DiskTree tab. Als mappen worden gevonden, zullen alle daarin aanwezige PDF bestanden automatisch aan de database worden toegevoegd. Om een schijf direct te kunnen indexeren, selecteer dan eerst de root van de schijf en vink vervolgens submappen aan.
Als de documenten eenmaal zijn toegevoegd aan de database, kunnen de indirecte scantools (DBDiskTree , DBDisk en DBZoeken ) worden aangewend om documenten te zoeken. De eerste twee hiervan bieden de gebruiker de mogelijkheid door de mappen te bladeren die reeds zijn toegevoegd aan de database. De derde biedt de gebruiker de mogelijkheid te zoeken naar een document door met bepaalde woorden te scannen in de verschillende velden van de PDF bestanden. Het doorzoeken kan worden gedaan zonder dat de bestanden tijdens het doorzoeken zijn geladen.
De belangrijkste zoekmethode om een document te vinden dat door PDFE wordt gebruikt bestaat uit het zoeken naar woorden in verschillende velden, die zijn toegevoegd aan de database. Dit is natuurlijk zeer bruikbaar, indien de verschillende velden in het PDF bestand relevante en nauwkeurige informatie bevatten. De Snel info wijzigen optie in PDFE biedt de gebruiker de mogelijkheid om deze velden aan te passen en informatie in te voeren voor latere zoekacties. Dit gereedschap (tool) geeft toegang tot de veldeditor, Bewerken infovelden. Tegelijkertijd is het bestand in de juiste volgorde te zien om de gebruiker te helpen tijdens het updaten van deze velden en als informatie kan worden geknipt en geplakt uit het document rechtsstreeks naar de velden.
De tweede zoekmethode voor het vinden van een document, Geïndexeerde inhoud, vereist dat de woorden van het document in de database zijn geïndexeerd. De Indexeren tekstwoorden optie biedt de gebruiker de mogelijkheid dit proces te laten verrichten. Deze groep van gereedschappen (tools) behandelen alle documenten of alleen de geselecteerde en in de actieve grid staande documenten. (ScanGrid of WerkGrid) kunnen worden benaderd via de Batchgereedschappen tab (Batchtools). De actieve grid kan gevuld worden met de gescande bestanden (alle voorkomende), alvorens het gereedschap wordt gestart. Nadat de tool de indexering heeft voltooid, kunnen de woorden in de documenten, de Geïndexeerde inhoud optie van de DBZoeken tool worden gebruikt.
Om de afbeeldingen te kunnen bekijken of te onttrekken aan documenten, kan het Onttrekken afbeeldingen gereedschap (toegankelijk via het Gereedschappen>Afbeeldingen onttrekken menu) worden gebruikt. Afbeeldingen kunnen worden bekeken door het selecteren van de Afbeeldingen tab aan de linkerzijde van het venster. Een batchproces voor het onttrekken van de afbeeldingen is ook beschikbaar via de Batchgereedschappen tab.