Az első eljárás a PDFE használatában, megkeresni a PDF állományokat és elkészíteni egy adatbázist ezekből az állományokból. Ezt egy közvetlen kereső eljárás készíti el a Lemezátvizsgáló címszó alatt. Ahogy a mappák átvizsgálásra kerülnek, az összes PDF állományt eközben automatikusan hozzáadja az adatbázishoz. Tartalomjegyzékbe iktat egy lemezt egyszer, ha kiválasztjuk azt forrásnak és bejelöljük az alkönyvtárak jelölőnégyzetet.
Amikor a dokumentumokat hozzáadta az adatbázishoz, képesek vagyunk használni a közvetett kereső eszközöket, (Adatbázisforrások, Lemezadatbázisok és Adatbázis vizsgáló), a dokumentumok kereséséhez. Az első kettő ezekből megengedi a felhasználónak végigböngészni azokat a mappákat, amelyek már bekerültek az adatbázisba. A harmadik megengedi a pásztázást szavakért egy dokumentum részére a PDF állományok különböző mezőiben. Ilyen keresést lehet elkészíteni, kivéve azoknak az állományoknak a mezőit, amik használatban vannak a keresés időpontjában, vagy ami állományt a keresés kimutat az adatbázisban, nem létező (törölt) állomány.
Egy dokumentum keresésének a fő módszerének a PDFE használja a tartalom megjelenítését a különböző mezők a szövegei számára, melyek szerepelnek az adatbázisban. Az a legfontosabb a folyamatból, ha a különböző mezők a PDF állományban tartalmaznak lényeges és pontos információt. A Gyors Info Szerkesztő eszköz a PDFE-ben megengedi a felhasználónak szerkeszteni ezeket a mezőket, biztosítani, hogy azok tartalmazzanak olyan információt, amelyik segíteni fog egy jövőbeni keresés folyamán. Az eszköz, ami eléri a mezőszerkesztőt, az Infoszerkesztő. Ugyanakkor az adatállomány látható is a rendszerben, segíti a felhasználót, amikor korszerűsíti ezeket a mezőket, úgy hogy képes információt kivágni-, és beilleszteni a dokumentumból közvetlenül a mezőkbe.
Egy dokumentum kereséséhez a másik eljárás, az Indexelt Tartamak, a dokumentum szavainak indexálását igényli az adatbázisba. Az Szövegszavak Index eszköz engedi meg a felhasználónak ezek feldolgozásának a megvalósítását. Ezek a csoport eszközök hatnak az összes dokumentum felett, vagy csak azoknál, amelyek kiválasztottak és lerakottak az aktív táblázatba (Kutatórács vagy Munkarács). Az eszközök a Batch Eszközök fülön érhetők el. Az átvizsgáláshoz az aktív táblázat fel kellene, hogy legyen töltve állományokkal (bármelyik eszköz számára), mielőtt a keresést elindítjuk. Miután az Szövegszavak Index eszköz készen van a dokumentumok szövegének indexálásával, a Adatbázis keresés eszközből az Indexelt tartalmak opcióval lehet használni.
A hasonló dokumentumok megnézéséhez a kiválasztás előtt az Szemelvény Képek eszköz (elérhető az Eszközök>Szemelvény Képek menüből) használható. A kiválasztáshoz a képek megmutatására az Képek fül alkalmas az ablak bal oldalán. Egy Batch feldolgozás a hasonlatok kiválasztáshoz elérhető a Batch Eszközök fül alatt.