使用PDFE的第一步就是搜寻能PDF文件并且为这些文件建立数据库，这可以通过直接扫描方法完成，即磁盘目录模式（DiskTree）。所有浏览到的目录中的PDF文件将会自动加入到数据库中，如果想一次为整个磁盘中的PDF文件建立索引，则可以选择根目录的同时选择子目录选项。
一旦文件被索引到了数据库中，就可以使用间接搜寻工具(DBDiskTree , DBDisk and DBSearch，即数据库磁盘目录，数据库磁盘，数据库搜寻 )查询这些文件。其中前两个可以按照目录浏览数据库中已经索引了的文件。第三个允许用户根据PDF的元信息字段进行搜寻。在搜寻时，所对应的文 件并不需要实际存在。
PDFE利用在数据库中已经建立好了的PDF文件的各种元信息搜寻所要的文件。所以，PDF文件中包含相关和准确的元信息将是非常有用的。PDFE中 的快速信息编辑（QuickInfoEdit ）工具可以允许用户编辑这些信息字段，以便于将来搜寻。这个工具使用字段编辑器(InfoEdit)进行工作。 同时，可以在预览 PDF文件的同时使用剪切、粘贴的方法进行信息编辑，直接将信息存储到相应的字段中。
第二种搜寻文件的方法是根据内容索引（IndexedContents），这种方法需要预先将文件中的文字信息索引到数据库中。 文本索引工具（IndexTextWords）可以允许用户完成这一工作。这些群组工具作用于所有的文件或者在活动的表格窗口(ScanGrid or WorkGrid)中选定的文件。这些工具在批处理选项卡中找到。在使用这些工具搜寻、处理文件之前，应该激活相应的表格窗口。一旦利用这些工具建立了 索引，在数据库搜寻工具中就可以使用内容索引选项了。
利用提取图片(ExtractImages)工具，可以浏览、提取PDF文件中的图片。菜单操作是工具>提取图片(Tools>Extract Images )。在左边选项卡中选择图片(Images)选项卡可以浏览文件中的图片。在批处理选项卡中可以实现图片提取的批量操作。