Ce sont les deux fonctions principales de PDE Explorer. L'indexation, qui s'exécute automatiquement lors de l'utilisation de l'outil scan direct via l'onglet, Explorateur Windows et la navigation, rendu possible grâce aux documents catalogués suivant les trois méthodes de scan indirect via les onglets: Arborescence base de donnée, Disque base donnée et Recherche base de donnée.