De functie Indexeren tekstwoorden doorzoekt alle gekozen PDF documenten van de actieve grid op woorden, die in de tekst voorkomen.
Daarbij worden de gevonden woorden in een interne index van PDF Explorer opgenomen. Nadat deze bewerking heeft plaats gevonden, kunnen de hieraan beantwoordende inhouden van PDF bestanden met behulp van de functie DBzoeken en de optie Geïndexeerde inhoud worden gevonden.
Het indexeren omvat alle woorden met meer dan twee tekens. Daarbij worden veel voorkomende woorden (b.v. "de", "een", "met", "op") niet uitgesloten, zoals bij vele andere indexeertools wel het geval is. Hoewel zo'n uitsluiting van veel voorkomende woorden de omvang van de index (database) zullen kunnen beperken, is dit in tegenspraak met PDF Explorer, dat met behulp van één gezamenlijke index tekst uit verschillende talen kan registreren. Een uitsluiting van veel voorkomende woorden zou kunnen veronderstellen, dat voor iedere individuele taal in de eerste plaats bepaald wordt, welke van de veel voorkomende woorden in de betreffend taal aanwezig zijn.