Første trin i at bruge PDFE er at skanne efter pdf-filer og oprette en database med oplysningerne. Dette gøres med "direkte" skanning under fanebladet Træ. Når der navigeres gennem mappetræet bliver oplysningerne om alle fundne pdf-filer automatisk lagt i databasen. For at indeksere et helt drev vælges roden af disken og der markeres i Undermapper.
Når et dokument er føjet til databasen kan de "indirekte" skanningsmetoder under fanerne DBdrevtræ, DBdrev og DBSøgning bruges til at finde dokumenter. De første to metoder giver mulighed for at gennemgå dokumenter, som findes i databasen. Den tredje metode giver mulighed for at finde dokumenter ved at søge efter bestemte ord i pdf-filens felter. Der søges i databasen, så selve filerne behøver ikke være tilgængelige på søgetidspunktet.
Den vigtigste søgemetode består i at søge efter ord i diverse metadatafelter, som er føjet til databasen. Metoden er selvfølgelig mest nyttig, hvis disse infofelter i pdf-filerne indeholder relevant og præcis information. Værktøjet Hurtig inforedigering giver mulighed for let at redigere indholdet i felterne, således at de bliver egnede til (fremtidig) søgning. Dette værktøj starter Inforedigering. Samtidig vises dokumentet som en hjælp til redigering af feltindholdet, ligesom information kan kopieres fra indholdet til felterne.
Den anden søgemetode, Indekseret indhold, kræver at dokumentets tekstindhold er indekseret i databasen. Til det bruges batchværktøjet Indeksér tekst. Værktøjet findes på fanebladet Batchværktøjer og virker på alle dokumenter der vises eller på de, som er valgt i den aktive tabel (Skannet tabel eller Arbejdstabel). Før værktøjet startes bør den aktive tabel indeholde de filer, som skal behandles. Når indekseringen af ordene i dokumenterne er udført, kan "Søg i" Indekseret indhold i DBSøgning anvendes.
Billeder i dokumenter kan ses eller udtrækkes med Udtræk billeder fra menuen Værktøjer > Udtræk billeder. Billeder kan ses ved at vælge Billeder til venstre (lodrette faner). Et batchværktøj til udtræk findes i Batchværktøjer.