Il manager di PDF–ShellTools consente di:

• Impostare alcune opzioni per i comandi usati dal programma.
• Accedere alle funzionalità per gli aggiornamenti automatici del programma. 
• Visualizzare informazioni riguardanti il numero di versione, i riconoscimenti, il tipo di licenza, ... 

Può essere aperto sia dal menù contestuale di PDF–ShellTools, alla voce Imposta preferenze ..., sia direttamente dal menù principale di Windows (Start -> Programmi -> PDF–ShellTools -> PDFShellTools Manager.)

Nella parte superiore della finestra puoi scegliere lo strumento che desideri sia registrato nella shell di Windows.
Questa opzione può essere utile per disabilitare alcuni strumenti, nel caso in cui insorgano problemi di compatibilità con altri programmi, oppure per registrare nuovamente uno strumento se, per qualche motivo, si trova nello stato di non registrato.

Alcune opzioni circa le estensioni della Shell (InfoTip, Menù contestuale e gli Handlers Intestazioni di colonna e Proprietà) possono essere editate e variate.

• Per configurare quali metadati visualizzare nelle finestre di pop-up di PDF-InfoTip, selezionali dalla lista suddetta e inserisci/disinserisci il segno di spunta nell'elenco dei campi che appaiono nella lista posta inferiormente.
• Dagli Strumenti del Menu di Contesto relativi all'elemento, è possibile accedere al pannello di configurazione degli Script personali ma anche ad ogni altra opzione di configurazione generale.
• Per l'Handler Intestazioni di colonna, esiste la possibilità di definire campi personalizzati.
• Per l'Handler Proprietà, esiste la possibilità di definire campi personalizzati che presentano l'aspetto e l'ordine con cui verranno visualizzati nel pannello di dettaglio di Windows Explorer.