Egne værktøjer føjer alsidigheden fra kommandolinjegrænsefladen til højrekliksmenuen. Hermed kan oprettes menupunkter, som udløser enhver af kommandolinjefunktionerne med forudindstillede valg, f.eks. farveændring, rotation med en given vinkel osv. eller afvikling af et eksternt program.

Egne værktøjer indstilles fra højrekliksmenuens punkt "Indstillinger...". Der kan også vælges ikon for menupunktet og hvilke filtyper værktøjet skal virke på.

"Nyt" og "Redigér" åbner dialogboksen til indstilling af brugerværktøj.

Værktøjets navn kan angives (det navn, som angives i højrekliksmenuen), kommandolinjefunktionen – som skal afvikles – og parametrene for afviklingen, kan indsættes.

Start af et eksternt program kan også være et værktøj. Således er det let at indstille et eksternt program, en batchfil  eller et script til at starte fra højrekliksmenuen.

Vis konsolvindue giver mulighed for at se funktionens output i et konsolvindue.

Værktøjerne bliver indsat øverst i PDF-ShellTools højrekliksmenuen, eller i selve højrekliksmenuen, når det er en ikke-PDF, som skal behandles.