Værktøjet kan anvendes til at underskrive PDF-dokumenter digitalt ved at tilføje en ny digital signatur eller underskrive i signaturfelter, som endnu ikke er signeret.

I PDF-sammenhæng attesterer en digital signatur, at dokumentet ikke er ændret siden signeringen, eller, hvis der må ændres efter signeringen, giver mulighed for at se dokumentet før ændringerne. Valideringsprocessen afslører om dokumentet er ændret, så PDF-læsere kan gøre opmærksom på det.
En digital signatur identificerer også underskriveren, underskriftstidspunkt og eventuel yderligere information fra underskriveren, så som anledningen til underskrift.

Processen bygger på et offentlig/privat nøglesystem. Den private nøgle bruges ved underskriften, og den offentlige bruges af modtageren til at godtgøre, at signaturen er ægte, og leveret af den, som forbindes med den specifikke offentlige nøgle. Dette virker, fordi kun et dokument, der er underskrevet med en bestemt privat nøgle kan bevises ægte med den tilhørende offentlige nøgle.

Hos underskriveren er den private nøgle forbundet med et digitalt certifikat. Det indeholder sædvanligvis navn og emailadresse på indehaveren, identifikation af udgiveren af certifikatet, udløbsdato og den offentlige nøgle. Signerede dokumenter har certifikatet indlejeret, således at modtageren kan kontrollere  denne information, godtgøre dets ægthed og således tjekke signaturen.

Opsætning af digital signatur

Først behøver vi et digitalt certifikat. Der kan oprettes et selvsignerende med opret et selvsignerende certifikat guiden, eller hentes fra en udbyder.

Selvsignerende certifikater er anvendelige for private, eller mindre virksomheder, der arbejder i miljø med gensidig tillid.

Certifikater fra tredjeparts udbydere, kaldet certifikatcentre, bør bruges i alle andre sammenhænge. Certifikatcentrene skal stå inde for identiteten af den til hvilken certifikatet er udstedt. Disse certifikater kan medføre betaling til certifikatcentret.

Signer som oplister de certifikater, som er installeret og giver også mulighed for at anvende certifikater i eksterne filer. Desuden kan startes en guide for at oprette et selvsignerende certifikat.

I Generelt kan  tilføjes supplerende information. Hash-algoritmen præsenteres sommetider for modtageren, så der er en mulighed for at vælge den. Normalt skal den viste standardindstilling vælges.

Visning specificerer om signaturen skal kunne ses med et grafisk indhold eller være usynlig.

Grafik kan indsætte et billede af underskrift, firmalogo e.a., som visning af den digitale underskrift. Der understøttes gennemsigtighed, så den indsatte grafik virker endnu mere indarbejdet i indholdet.

Placering bruges til at specificere på hvilken side, signaturen skal indsættes og – til synlige signaturer – placering og størrelse.

Ofte har dokumenter til underskrift allerede felter til at underskrive i. Så markeres Eksisterende felt, der allerede vil være placeret.
Denne mulighed kan ikke anvendes, hvis værktøjet startes med flere PDF-filer valgt. Men hvis der er gemt en skabelon med signering af én fil, kan den genbruges til underskrift af flere dokumenter med det samme underskriftsfelt.

En digital signatur er altid dateret, men datoen er fra underskriverens computer. Den kan selvfølgelig manipuleres blot ved at omstille computerens ur. Med Føj tidsstempel ... kan tilføjes et autoriseret tidsstempel.

Den autoriserede tidsstempling udføres ofte af tredjeparts udbydere, men et firma kan have sin egen TSA-server, hvis dateringen kun skal anvendes internt. Indstilling foregår ved blot at indsætte TSA-serverens URL, samt brugernavn og adgangskode, hvis serveren kræver det.

Opret et selvsignerende certifikat

Guiden startes fra Signer som. Et selvsignerende certifikat indeholder ingen tredjeparts-attestationer, så det kan ikke anerkendes til dokumenteret bindende underskrifter.

Kun de to øverste felter er obligatoriske. Standardindstillingerne kan anvendes, hvis der ikke er specielle krav.

Gem i kan øverst bruges til at gemme certifikatet i en ekstern adgangskodebeskyttet fil. I Windows certificate store gemmes certifikatet af systemet og er beskyttet af Windows logon.

Kommandolinje:

Funktion:	AddSignature
Valg:	[] betyder valgfri parameter.
Template=	- Komplet sti til en signaturskabelon, som er indstillinger, der tidligere er sat og gemt.
[Password=]	- Adgangskode til certifikatet (hvis den kræves).
[OutputPath=]	- Komplet sti til de underskrevne filer. Hvis ingen bruges kildemappen.
[-CreateBackup]	- Opretter en backup.
[-s]	- Kør i baggrunden. Viser ikke brugergrænsefladen (ikke i prøveversionen).
FilesList	- Liste med filer, som skal underskrives. Separér filerne med semikolon ";". Skal være sidste parameter.
Eksempel: "c:\Programmer\PDF-ShellTools\PDFShellTools.exe" AddSignature OutputPath=c:\Underskrevne_PDFer Template=c:\Underskriftsskabeloner\EnDigitalSignatur.sig c:\PDFs\Kontrakt_Februar-2014.pdf