Ezek a legfontosabb műveletek a PDFE-ben. Az indexálás ismétlődő végrehajtására a közvetlen keresésnek az eszköze, a Lemezátvizsgáló és a navigálás számára az indexelt dokumentumok szokásos három módszere a közvetett keresésből: Adatbázisforrások, Lemezadatbázisok vagy Adatbázis vizsgáló.