PDF Explorer может работать в качестве службы Windows. Веб-интерфейс, папки задач автоматизации и папки-мониторы начинают функцинировать только когда работают в этом автоматическом режиме. Запуск в качестве службы Windows даёт возможность иметь приложение, работающее сразу после запуска ПК даже без зарегистрированного пользователя. Очень полезно иметь всегда работающий веб-интерфейс с инструментами мониторинга услуг, чтобы убедиться, что он перезапускается, если установлена заморозка в архитектуре клиент-сервера.
Для инсталляции и деинсталляции PDFE в качестве службы Windows используются два пакетных файла ServiceInstall.bat и ServiceUninstall.bat. Они находятся в папке с установленным PDF Explorer.
При запуске пакетного файла ServiceInstall.bat появится окно
Поля Имя учётной записи и Пароль учётной записи должны быть заполнены соответственно именем и паролем учётной записи пользователя Windows в которой установлен PDF Explorer. Также надо указать Тип запуска службы при старте Windows (Запуск автоматически; Запуск пользователем вручную; Отключить службу). После нажатия на ОК в окне появится подтверждение правильности (или нет) установки службы. Службу можно запустить вручную из диспетчера служб Windows или автоматически после перезагрузки Windows.
Служба Windows и обычный графический интерфейс не могут работать одновременно, поэтому, при запуске PDF Explorer с нормальным графическим интерфейсом и при запущеной службе Windows появится предупреждение с просьбой остановить службу для запуска программы. Если она будет принята, служба будет остановлена и стартует нормальный PDFE GUI. При выходе появиться запрос на подтверждение перезапуска службы.